一、歸集用途不同

在高新技術(shù)企業(yè)認定時，歸集研發(fā)費的目的在于計算研發(fā)費占銷售收入的比例是否符合規(guī)定，這是申請時的一項必備條件;而加計扣除政策中，歸集研發(fā)費是為了按其發(fā)生額的50%，在計算應(yīng)納稅所得稅時加計扣除。

二、歸集要求不同

高新技術(shù)企業(yè)的研發(fā)費需在認定或匯繳備案時報送《企業(yè)年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)歸集表》等相關(guān)資料;而加計扣除的研發(fā)費在享受加計扣除優(yōu)惠時需履行備案手續(xù)，填報《可加計扣除研究開發(fā)費用情況歸集表》等相關(guān)資料。  

兩者雖為同一研發(fā)過程中發(fā)生的費用，但八大項費用的具體歸集口徑不同。總體來說，高新企業(yè)認定研發(fā)費的口徑大于加計扣除中研發(fā)費的口徑，兩者之間的差異主要體現(xiàn)在： 
     (一)人員人工。加計扣除中人員人工只包括研發(fā)人員的工資、薪金、獎金、津貼、補貼，而高新認定除上述內(nèi)容外，還將企業(yè)繳納的研發(fā)人員基本社會保險費用、公積金補助費、外聘研發(fā)人員的勞務(wù)費用等與其任職或者受雇有關(guān)的其他支出也列入研發(fā)費中。 
     (二)直接投入。加計扣除中的直接投入包括材料、燃料、動力費用以及專門用于中間試驗和產(chǎn)品試制的模具、工藝裝備開發(fā)制造費。而高新認定中除上述內(nèi)容外，還包括試制產(chǎn)品的檢驗費、用于研究開發(fā)活動的儀器設(shè)備的簡單維護費等。 
     (三)折舊費用和長期待攤費用。加計扣除中該項只包括專門用于研發(fā)活動的儀器、設(shè)備的折舊費或租賃費。而高新認定中還包括研發(fā)在用建筑物的折舊以及研發(fā)改建、修理中的長期待攤費用。 
     (四)委托外部研究開發(fā)費用。高新認定規(guī)定的研發(fā)費第七項為“委托外部研究開發(fā)費用”，而加計扣除的規(guī)定中則沒有這一項。兩者對委托外部研究開發(fā)費用的處理是不同的，前者要求委托外部研究開發(fā)費用發(fā)生額的80%計入研發(fā)費用總額。后者要求委托開發(fā)的研發(fā)項目，由委托方按照規(guī)定計入研發(fā)費用，并無比例的要求，且在歸集時要求受托方提供相應(yīng)的費用支出明細表。 
     (五)其他費用。由于高新認定時采取了不完全列舉的方法，而加計扣除則采取正列舉的方法，所以加計扣除政策中未列舉的項目，都不允許計入加計扣除的范圍。而高新認定中的研發(fā)費還包括為研究開發(fā)活動所發(fā)生的其他費用，如辦公費、通訊費、專利申請維護費、高新科技研發(fā)保險費等。